GEN-AU

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Fantastische Biologie

ELSA-Projektkoordinator Markus Schmidt über die Forschung im Kino und in den Schlagzeilen. Ein Gespräch mit Stefan Löffler.

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Vom Jagen und Sammeln

GEN-AU Projektkoordinatorin Christa Schleper sprach mit Julia Harlfinger.
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Austrian Proteomics Platform III
Das Proteom, also die Gesamtheit der Proteine in einem Organismus bzw. einer Zelle, ist ständigen dynamischen Veränderungen unterworfen, die essenziell für das Verständnis von Entwicklungsvorgängen und Krankheiten sind. Die APP III kann auf den bereits erzielten technischen Leistungen und der gewonnenen Expertise aus Chemie und Biologie aufbauen und entwickelt schrittweise neue Forschungsmethoden.

Projektleitung:  Univ.-Prof. Dr.med. Lukas Alfons Huber
Institutionen:  Sektion f. Zellbiologie; Med. Univ. Innsbruck
CeMM - Forschungszentrums für Molekulare Medizin GmbH; Österr. Akademie der Wissenschaften
Phase:  GEN-AU III
Laufzeit:  01.04.2009 bis 31.03.2012
Budget:  1.350.000 €

Das Proteom kartieren

Im Gegensatz zum Genom, das in jeder Zelle eines Organismus dieselbe Information trägt, ist das Proteom andauernden dynamischen Veränderungen unterworfen. Das Proteom reflektiert daher den physiologischen oder pathologischen Zustand einer Zelle, eines Gewebes, oder eines gesamten Organismus zu einem ganz bestimmten Zeitpunkt unter ganz bestimmten Bedingungen.


Entwicklung zur Systembiologie

Durch Proteomuntersuchungen unter exakt definierten Bedingungen erhoffen sich die Grundlagenforscher metabolische Netzwerke, Netzwerke der Signaltransduktion und physiologische als auch pathologische Zustände besser verstehen zu lernen. Proteomforschung entwickelt sich nun von einer rein deskriptiven Wissenschaft hin zur quantitativen Erfassung und Interpretation biologischer Systeme (Systembiologie).


Vorteil im internationalen Vergleich

Aus diesem Grund haben sich auch österreichische Grundlagenforscher zu einem solchen Netzwerk zusammengeschlossen und die "Österreichische Proteomics Plattform (APP)" gegründet. Die APP befindet sich jetzt in der dritten Antragsperiode. Die APP-III Forscherteams fokussieren in einem 3-Jahresprogramm dabei bestimmte biologische oder technische Probleme, wo die bereits verfügbare Expertise einen kompetitiven Vorteil, im direkten Vergleich zum internationalen Standard, erwarten lässt, wie z.B. durch eine effiziente qualitative und quantitative Analyse verschiedener Proteome, Protein-Wechselwirkungen und Interaktion mit chemischen Substanzen (z.B. Medikamente), routinemäßige Erfassung so genannter post-translationaler Modifikationen in Proteinen und eine effiziente und standardisierte Erfassung, Archivierung, Austausch und Integration dieser Daten.


Entwicklung neuer Methoden

In der dritten Antragsperiode baut die APP III auf den bereits erzielten technischen Leistungen auf und wird schrittweise neue analytische und quantitative Methoden entwickeln, basierend auf der ausgewiesenen Expertise in Chemie und der Biologie von krankheitsrelevanten intrazellulären Signaltransduktionskaskaden.


Im Gegensatz zum Genom, welches in jeder Zelle eines Organismus dieselbe Information trägt, ist das Proteom andauernden dynamischen Veränderungen unterworfen. Das Proteom reflektiert daher den physiologischen oder pathologischen Zustand einer Zelle, eines Gewebes, oder eines gesamten Organismus zu einem ganz bestimmten Zeitpunkt unter ganz bestimmten Bedingungen. Durch Proteomuntersuchungen unter exakt definierten Bedingungen erhoffen sich die Grundlagenforscher metabolische Netzwerke, Netzwerke der Signaltransduktion und physiologische als auch pathologische Zustände besser verstehen zu lernen. Proteomforschung entwickelt sich nun von einer rein deskriptiven Wissenschaft hin zur quantitativen Erfassung und Interpretation biologischer Systeme (Systembiologie).


Aus diesem Grund haben sich auch österreichische Grundlagenforscher zu einem solchen Netzwerk zusammengeschlossen und die "Österreichische Proteomics Plattform (APP)" gegründet. Die APP befindet sich jetzt in der dritten Antragsperiode. Die APP-III Forscherteams fokussieren sich in einem 3-Jahresprogramm dabei auf bestimmte biologische oder technische Probleme, wo die bereits verfügbare Expertise einen kompetitiven Vorteil, im direkten Vergleich zum internationalen Standard, erwarten lässt, wie z.B. durch eine effiziente qualitative und quantitative Analyse verschiedener Proteome, Protein Wechselwirkungen und Interaktion mit chemischen Substanzen (z.B. Medikamente), routinemässige Erfassung so genannter posttranslationaler Modifikationen in Proteinen und eine effiziente und standardisierte Erfassung, Archivierung, Austausch und Integration dieser Daten. In der dritten Antragsperiode baut die APP-III auf den bereits
erzielten technischen Leistungen auf und wird schrittweise neue analytische und quantitative Methoden entwickeln, basierend auf der ausgewiesenen Expertise in Chemie und der Biologie von Krankheitsrelevanten intrazellulären Signaltransduktions-Kaskaden.


Chromatography, stationary phases, ESI-MS/MS, MALDI-TOF, MELDI, IR spectroscopy

Projektleitung:  Univ.-Prof. Mag. Dr. Günther Bonn
Institutionen:  Inst. f. Analytische Chemie und Radiochemie; Univ. Innsbruck

Glyco-proteomics, protein complexes, biophysics, protein engineering, bioinformatics

Projektleitung:  Univ.-Prof. Mag. Dr. Andreas Kungl
Institutionen:  Inst. f. Pharmazeutische Wissenschaften; Univ. Graz

Interaction proteomics (TAP-tagging), drug proteomics, mass spectrometry, signal transduction, kinases

Projektleitung:  Univ.-Prof. Dr. Giulio Superti-Furga
Institutionen:  CeMM - Forschungszentrums für Molekulare Medizin GmbH; Österr. Akademie der Wissenschaften

Qualitative and quantitative proteomics, top-down proteomics of intact proteins, multidimensional chromatography, mass spectrometry of biopolymers, bioinformatic tools for proteome analysis

Projektleitung:  Univ. Prof. Dr. Christian Huber
Institutionen:  Fachbereich Molekulare Biologie; Univ. Salzburg

Quantitative MS of post translational modifications, chromatography, mass spectrometry, interaction proteomics, top down proteomics,

Institutionen:  IMP - Research Institute of Molecular Pathology

Signal transduction, mouse genetics, organelle- and phospho-proteomics, protein complexes, 2D-DIGE, MALDI-TOF

Projektleitung:  Univ.-Prof. Dr.med. Lukas Alfons Huber

Tagging chemistries and affinity materials for proteome analysis, chiral separations, capillary separation techniques and hyphenation of such techniques to mass spectrometry

Projektleitung:  Univ.-Prof. Dr. Wolfgang Lindner
Institutionen:  Inst. f. Analytische Chemie und Lebensmittelchemie; Univ. Wien


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