PORTRÄTSERIE PROJEKTLEITER
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Daten einen Sinn geben
Der Computer ist ein unverzichtbares Werkzeug der modernen biomedizinischen Forschung, da riesige Datenmengen verarbeitet werden müssen, die manuell nicht mehr analysiert werden können. Das Bioinformatik Integrationsnetzwerk bietet allen GEN-AU Projekten computerbasierte Unterstützung bei der Datenauswertung an, entwickelt neue Methoden für die Datenanalyse und bildet akademische Bioinformatikerinnen und -informatiker aus.
Molekularbiologische Forschung basiert heute zu einem wesentlichen Teil auf Kenntnissen und Methoden der noch relativ jungen Wissenschaft der Bioinformatik. Sie kombiniert medizinisches, biologisches und mathematisches Wissen, um beispielsweise Strukturanalysen von Proteinen, Berechnungen über zelluläre Interaktionen oder Simulationsmodelle von molekularen Wechselwirkungen erstellen zu können. Durch die Bereitstellung solcher Werkzeuge und Kenntnisse stellt die Bioinformatik eine unerlässliche Grundlage für die Forschungskonzepte der Genomik, Proteomik und Metabolomik dar.
Im Rahmen dieses Forschungsprojekts soll an die beiden erfolgreichen Vorperioden des Bioinformatik Integrationsnetzwerks angeknüpft werden. In der dritten Phase sollen bioinformatische Strategien und computergestützte Methoden zur Unterstützung nationaler Genom- und Proteomforschungsprojekte - insbesondere der GEN-AU Projekte - verbessert, weiterentwickelt und ausgebaut werden. Im Speziellen werden bioinformatische Services und Ressourcen zur Verfügung gestellt, neue Analysetechniken und Datenbanken etabliert und akademische Aus- und Weiterbildungsmöglichkeiten in den Kernbereichen der Bioinformatik angeboten. Für die Umsetzung dieser Ziele werden Neuerungen in den Bereichen der Softwareentwicklung und Computertechnologie integriert, neue Methoden für Analyse der Genregulation entwickelt und neue Verfahren zur Modellierung von molekularen Netzwerken geschaffen werden.
Im Rahmen der Projekte im Genomforschungsprogramm GEN-AU werden durch die Anwendung von neuen experimentellen Methoden immense Datenmengen generiert. Die Auswertung der Daten und die Extraktion von neuen biologischen Erkenntnissen stellt eine große Herausforderung dar. Um diese Herausforderung in neue Möglichkeiten und Chancen umwandeln zu können, wurde das Bioinformatik-Integrationsnetzwerk (BIN) geformt. In der ersten Phase des Programms wurde ein virtuelles Labor für die Integration bioinformatischer Lösungen etabliert und drei thematische Schwerpunkte eingerichtet: Aufbau und Wartung bioinformatischer Serviceleistungen, Sequenzannotation und Strukturgenomik. In der zweiten Phase von GEN-AU wurde das Netzwerk mit Proteominformatik und evolutionärer Sequenzanalyse thematisch erweitert.
Die kontinuierliche Entwicklung und Anwendung von neuen Hochdruchsatztechnologien setzt eine parallele Entwicklung von informatischen Methoden für die Verwaltung, Speicherung, und Analyse der generierten Daten voraus. In der letzten Förderperiode plant das BIN III Konsortium daher die Wartung und Erweiterung des virtuellen Computerlabors und die Stärkung der Interaktion mit den experimentellen Partnern. Für das BIN III Projekt werden folgende Aktivitäten vorgeschlagen: - Wartung und Erweiterung der bioinformatischen Serviceleistungen, die im Rahmen der Projekte BIN I und BIN II entwickelt wurden. Die schnelle Weiterentwicklung der Hard- und Softwaretechnologie verlangt kontinuierliche Adaptierung und Wartung der vorhandenen Ressourcen. - Entwicklung neuer bioinformatischer Methoden zur Analyse biomolekularer Daten. Wir werden die Aktivitäten auf zwei thematische Schwerpunkte fokusieren: Genregulation und Modellierung molekularer Netzwerke. - Validerung der Methoden und Beantwortung biologischer Fragestellungen aus den GEN-AU Projekten. In Zusammenarbeit mit den Partnern werden Experimente geplant, durchgeführt und die Ergebnisse analysiert. - Fortführung des Doktoranden-Programms für Bioinformatik und Weiterführung der spezialisierten Ausbildung. Den Mangel an qualifiziertem Bioinformatik-Personal werden wir mit der Fortsetzung des Doktoranden-Programms mit BetreuerInnen aus dem Netzwerk ausgleichen. Die spezialisierten Bioinformatik-Veranstaltungen und die Gastarbeitsplätze werden im stärkeren Maße angeboten.
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