Durch GEN-AU wurde an der Universität Innsbruck die Gründung der ersten österreichischen interdisziplinären Technologieplattform für Proteomforschung ermöglicht. Das Proteom ist die Summe aller Eiweißmoleküle (Proteine) die in einem Organismus zu einem bestimmten Zeitpunkt, unter ganz genau definierten Zuständen von einem Genom (Summer alle vorhandenen Gene der Erbsubstanz) gebildet und verwendet werden. Während die Gene eine mehr oder weniger genau festgelegte Anzahl umfassen, sind Proteome dynamische Größen, die sich je nach physiologischem Erfordernis oder auch Krankheitszustand verändern. Die menschlichen Erbanlagen wurden kürzlich entschlüsselt und kartiert. Deshalb liegt in der Postgenomära die Hoffnung der Wissenschaft und Medizin im funktionellen Verstehen dieser komplexen Netzwerke von Eiweißmolekülen, die unser Leben ermöglichen und lenken. Die Durchführung solcher quantitativer, vergleichender Untersuchungen im großen Maßstab ist die Aufgabe der Proteomforschung, kurz "Proteomics" genannt.
Zwei Universitätsinstitute haben sich in Innsbruck zusammengetan um so ein interdisziplinäres Projekt erstmals in Österreich zu beginnen. Das Institut für Analytische Chemie und Radiochemie (o.Univ.Prof. Dr. Günther Bonn, Naturwissenschaftliche Fakultät) und die erst vor kurzem neu gegründete Abteilung für Histologie und Molekulare Zellbiologie am Institut für Anatomie, Histologie und Embryologie (Univ. Prof. Dr. med. Lukas A. Huber, Medizinische Fakultät) ergänzen sich thematisch und instrumentell zur Entwicklung neuer Technologien für die Proteomforschung. Die genaue Anzahl aller menschlichen Gene ist noch nicht bekannt, es sollten aber mehr als 35.000 sein. Die Anzahl aller Proteine die von diesem Genom aber erzeugt und in verschiedenen Typenformen innerhalb einer einzelnen Zelle existieren können ist um vieles höher und könnte 10-20 Millionen Eiweißmoleküle umfassen. Die Analyse solcher komplexen Eisweißgemische ist daher extrem schwierig und technisch entsprechend anspruchsvoll. Die Innsbruck Forscher haben sich deshalb auf die Entwicklung von Trennverfahren konzentriert, um diese Eiweißgemische überhaupt analysieren zu können. Die Zellbiologen in diesem Team beschäftigen sich mit neuen Techniken, die es ermöglichen, Zellen und sogar ganze Organe in kleinste funktionelle Einheiten für anschließende Proteomanalysen zu zerlegen. Die chemische Arbeitsgruppe wiederum entwickelt neue Trennverfahren für die einzelnen Proteine aus diesen Extrakten, um diese dann mittels Massenspektrometrie zu identifizieren. Dabei ist es einerseits wichtig die Proteine anhand ihres spezifischen Aminosäurenmusters zu identifizieren, als auch chemische Veränderungen an den Eiweißmolekülen zu finden, die für Regulation und Funktion im gesunden oder erkrankten Organismus eine Rolle spielen. Die quantitative Erfassung krankheitspsezifischer Eiweißmuster ist dann die Grundlage für die Entwicklung neuer therapeutischer Konzepte, die zum Ziel haben, solche veränderten Eiweißmoleküle in ihrer aberranten Funktion zu inhibieren oder fehlende funktionell zu ersetzen.
Die Innsbrucker Proteomforscher sehen sich als integrative und interdisziplinäre Andockstelle für andere Forschungsschwerpunkte des GEN-AU Programms und möchten wertvolle Impulse für die Etablierung und eine international kompetitive Entwicklung der Proteomforschung in Österreich setzen.
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