Daten einen Sinn geben
Der Computer ist ein wichtiges Werkzeug der modernen biomedizinischen Forschung. In der Genomforschung müssen riesige Datenmengen verarbeitet werden. Dieses Netzwerk bietet allen GEN-AU Projekten computerbasierte Dienste an, entwickelt neue Methoden für die Datenanalyse und bildet akademische Bioinformatikerinnen und -informatiker aus.
Bioinformatik als Werkzeug interdisziplinärer Forschung. Molekularbiologische Forschung basiert heute zu einem wesentlichen Teil auf Kenntnissen und Methoden der noch relativ jungen Wissenschaft der Bioinformatik. Sie kombiniert medizinisches, biologisches und mathematisches Wissen, um beispielsweise Strukturanalysen von Proteinen, Berechnungen über zelluläre Interaktionen oder Simulationsmodelle von molekularen Wechselwirkungen erstellen zu können. Durch die Bereitstellung solcher Werkzeuge und Kenntnisse stellt die Bioinformatik eine unerlässliche Grundlage für die Forschungskonzepte der Genomik und Proteomik dar.
Neue Technologien, Ausbildung und Ressourcenbereitstellung. Mit dem Projekt soll an die erfolgreiche erste Periode des Bioinformatik Integrationsnetzwerks angeknüpft werden. In der BIN II-Phase sollen bioinformatische Strategien und computergestützte Methoden zur Unterstützung nationaler Genom- und Proteomforschungsprojekte - insbesondere der GEN:AU-Projekte - verbessert, weiterentwickelt und ausgebaut werden. Im Speziellen werden bioinformatische Services und Ressourcen zur Verfügung gestellt, neue Analysetechniken und Datenbanken etabliert und akademische Aus- und Weiterbildungsmöglichkeiten in den Kernbereichen der Bioinformatik angeboten.
Für die Umsetzung dieser Ziele werden Neuerungen in den Bereichen der Softwareentwicklung und Computertechnologie integriert, neue, hochmoderne Methoden für quantitative Proteomanalysen entwickelt und zudem ein Doktorandenkolleg initiiert, das neben der Bioinformatik auch Ausbildungsmöglichkeiten, Kurse und Workshops im Bereich Computational Biology bietet.
Die Forschungsprojekte im Rahmen des GEN-AU Programms versuchen die Funktion und Interaktion von Genen zu entschlüsseln, um Krankheiten früher und genauer diagnostizieren zu können, um neue Theraphieformen zu entwickeln und diese abgestimmt auf den Patienten einsetzen zu können. Um diese Ziele zu erreichen, ist die Unterstützung durch die Bioinformatik, einer jungen Wissenschaft an der Schnittstelle von Biologe, Medizin, Mathematik und Informatik, unabdingbar.
Das Bioinformatik Integrationsnetzwerk II (BIN II) hat sich zum Ziel gesetzt, neue bioinformatische Lösungen zu entwickeln und bestehende Lösungen einzusetzen, um die Anforderungen aus den nationalen Forschungsprojekten in der Genomik und Proteomik abzudecken. Besonderes Augenmerk wird auf die Entwicklung und den Einsatz von rechnergestützten Werkzeugen für die gemeinsame Analyse von Sequenz-, Expressions-, Proteom- und 3D Strukturdaten gelegt. Das Netzwerk wird bioinformatische Services bereitstellen, Methoden und Werkzeuge entwickeln und Schulung und Ausbildung ermöglichen.
Im Detail sind die Ziele des Bioinformatik Integrationsnetzwerkes folgende:
- Die Bereitstellung von bioinformatischen Services und Ressources für die Projekte innerhalb von GEN-AU.
Die existierende Basis an bioinformatischen Services wird gewartet, verbessert und thematisch ausgebaut.. Datenbanken und Services werden an neue Softwaretechnologien und Schnittstellen angepasst. Neue Services für die Unterstützung von speziellen Technologien in der Proteomik werden entwickelt. Der ständig steigende Umfang und die erhöhte Komplexität der biologischen Daten erfordert den Einsatz der nächsten Generation von Servern und Computing Clustern.
- Die Entwicklung von neuen Methoden, Datenbanken und Werkzeugen für die Analyse von biologischen Daten aus GEN-AU Projekten.
Die bestehenden Datenbanken und Analysewerkzeuge für Microarraydaten, RNA- und Proteinseqenzen und 3D Proteinstrukturen werden gewartet und verfeinert. Thematisch wird das Netzwerk um evolutionäre Sequenzanalyse und die Analyse protemischer Daten erweitert. Es wird eine integrierte Plattform für quantitative Proteomik entwickelt, die Werkzeuge für die Verarbeitung von Spektren und die Identifikation von posttranslationalen Modifikationen enthält und die Speicherung, Validierung und Auswertung von hochauflösenden proteomischen Daten erlaubt.
- Die Förderung der Entwicklung von Bioinformatik und Computational Biology in Österreich durch Ausbildung und Schulung auf akademischer Ebene.
In Österreich herrscht momentan ein Mangel an hochqualifizierten Postdocs mit Erfahrung in Softwareentwicklung und ausreichender Ausbildung in Biologie. Deshalb wird ein Doktorandenkolleg initiert, das ausgewählte Kapitel in der Bioinformatik und Computational Biology umfasst. Zusätzlich wird das Netzwerk weitere Kurse für Biologen aus GEN-AU Projekten abhalten, Arbeitsplätze für Gastwissenschaftler bereitstellen, Bioinformatik Workshops und Vorlesungen von herausragenden Bioinformatikern organisieren.
Projektdauer: 3 Jahre
Projektbudget: 2.542.380,00 Euro
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